Die ältere Entstehungsgeschichte der Franziskus-Schule ist nicht mehr vollständig überliefert, so dass manche Zeitabschnitte und Ereignisse nur unzureichend dokumentiert sind. So kann es durchaus sein, dass noch Urkunden, Briefe oder andere Belege auftauchen, die die Chronik der Schule nicht nur vervollständigen sondern auch verändern können.1898 stellte der Kirchenvorstand den Antrag auf Neubau einer katholischen Schule.Im Jahre 1904 wurde die Schule das erste Mal urkundlich erwähnt.Man kann in den Akten der Stadtverwaltung eine Registrierung über die „Neue Schule in der Soelderstr. 95“ (heute „Robert-Koch-Str. 50“) finden.Die Schule wurde mit starker Unterstützung des katholischen Franziskanerklosters gegründet. Deshalb erhielt sie auch den Namen „Franziskus-Schule“. In dieser katholischen Volksschule wurden zunächst 230 Schüler in 4 Klassen unterrichtet. Schon im Jahre 1910 fand eine Erweiterung durch einen großen Anbau statt. Nun konnten 1080 Schüler in 18 Klassen unterrichtet werden.

Im Jahre 1939 wurden alle konfessionellen Schulen geschlossen. Die Schüler der Franziskus Schule und der benachbarten protestantischen Falk-Schule (im Gebäude der heutigen Hauptschule Am Ostpark) wurden gemischt. Von nun an bis 1953 hieß die neue gemeinsame Schule „Berswordt-Schule“. Im Jahre 1943 musste die Schule wegen Luftangriffsschäden in das Gebäude der früheren Falk-Schule umziehen. Nach dem 2. Weltkrieg wurde das Gebäude der ehemaligen Franziskus-Schule wieder aufgebaut und eine Handelsschule zog ein.
Im Jahre 1953 wurde die „Katholische Berswordt-Schule“ im Gebäude der Berswordt-Schule gegründet. Da die neue Schule aber nur 4 Klassenräume benutzen durfte, musste der Unterricht in zwei Blöcken vormittags und nachmittags abgehalten werden. Mit Beginn des Schuljahres 1955 / 56 erhielt die „Katholische Berwordt-Schule“ ihren alten Namen „Katholische Franziskus-Schule“ zurück. Im Jahre 1957 wurde das alte Gebäude an der Robert-Koch-Str. 50 von den kaufmännischen Unterrichtsanstalten geräumt. Die Franziskus-Schule und einige Klassen der Berswordt-Schule konnten nun zurück in das Franziskus-Schulgebäude ziehen. Der katholische Berswordt-Schule wurden 14 Räume und der Berswordt-Schule 6 Räume im Gebäude zugewiesen.
1968 wurden alle Volksschulen aufgelöst. Nach den Sommerferien nahm die „Katholische, öffentliche Franziskus-Grundschule“ die Arbeit auf und begann den Unterricht mit 220 Schülern in 8 Klassen vom der 1. bis zum 4. Schuljahr.